Ekspresi gen dapat ditentukan dengan mengukur kadar mRNA dengan berbagai macam teknik, misalnya dengan microarray atau pun Serial Analysis of Gene Expression atau Analisis Serial Ekspresi Gen (SAGE). Teknik-teknik tersebut umumnya diterapkan pada analisis ekspresi gen skala besar yang mengukur ekspresi banyak gen (bahkan genom) dan menghasilkan data skala besar. Metode-metode penggalian data (data mining) diterapkan pada data tersebut untuk memperoleh pola-pola informatif. Sebagai contoh, metode-metode komparasi digunakan untuk membandingkan ekspresi di antara gen-gen, sementara metode-metode klastering (clustering) digunakan untuk mempartisi data tersebut berdasarkan atas kesamaan ekspresi gen.
Gambar 1. Klastering ekspresi gen pada kanker payudara